北九州エアターミナルは、スカイマークエアラインズ(SKY)に対して、開港当初は他の航空会社と搭乗手続きカウンターを共用することができないか提案した。
新北九州空港のターミナルビル建設はすでに7割ほどの進捗状況にあり、スカイマークの専用カウンターを設置する場合には、建物の拡張が必要となる。ターミナルビルは比較的安易に拡張できる構造にしてあるが、それでも最低6ヶ月の整備期間が必要だ。
同じく来年2月に開港する神戸空港にもカウンタースペースは二つしかないが、就航を表明した全日空、日本航空、スカイマークの3社のうち、日本航空とスカイマークはカウンターを共用する。
スカイマークはこの提案を受けて、新北九州空港への就航を再度検討したいという。北九州エアターミナルはスカイマークの返事を受けてからこの問題に対応する。